Die hohe Korrelation des Narkolepsie-Kataplexie-Syndroms mit einem spezifischen HLA Status spricht für einen hereditären Faktor und gilt als Hinweis für eine mögliche Beteiligung des Immunsystems. In einer Normalbevölkerung kann das Antigen HLA DR2 nur in ca 20-40% nachgewiesen werden. Der Vererbungsmodus des HLA Gens ist beim Mensch jedoch unbekannt. Es wurde postuliert, dass die Träger des Genes durch Hinzutreten eines exogenen Realisationsfaktors, z.B. eines viralen Antigens via einen sekundär in Gang gesetzten Immunmechanismus narkolepsiekrank werden [12]. Zu einer entzündlichen Genese würden auch der gelegentlich beobachtete Beginn nach einem Infekt und die oft diskret abnormen Liquorbefunde passen [2]. Pathogenetisch vermutet man eine Störung des Schlaf-Wach-Zyklus und eine "Auflösung der Grenzen zwischen den bekannten Schlafstadien" mit Auftreten von "dissoziierten NREM- und REM-Phänomenen" losgelöst vom normalen Tag-Nacht-Zyklus. Dissoziiert bedeutet, dass sich ein Teilaspekt eines bestimmten Schlafstadiums manifestiert in der "fremden Umgebung" einer anderen Vigilanzlage, sei es im Schlaf oder im Wachzustand [13]. Man spricht etwas salopp auch von einer Dissoziation zwischen "psychischem und somatischem Schlaf". Pathologisch-anatomisch wurde bei den symptomatischen Formen Läsionen im Hypothalamus und Meso-Dienzephal nachgewiesen, bei der idiopathischen Form war der pathologisch-anatomische Befund praktisch immer normal.